免疫沉澱實驗(IP) Agarose beads vs. Magnetic beads
我該如何選擇？
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前一篇文章 (常常對實驗高背景感到無奈嗎？教你如何獲得低背景免疫沉澱) 幫大家解決了免疫沉澱 (Immunoprecipitation, 以下簡稱IP)實驗高背景的問題，今天就要幫大家破解IP Beads的選擇障礙。
ChromoTek 的 Nano-Traps 系列產品，針對蛋白質及其相互作用因子於IP實驗的效果進行了提升。 Nano-Traps 主要由與beads結合的奈米抗體 /VHH所組成。Nano-Traps根據不同的需求也有不同的種類供選擇，例如：GFP-Trap®、RFP-Trap® 和 Spot-Trap®，此外，我們也提供了不同類型的beads讓大家做選擇：
- Agarose beads
- Magnetic Agarose beads
- Magnetic Particles M-270
▲Immunoprecipitation with GFP-Trap
I: Input, FT: Flow-Through, B: Bound
根據beads的不同特性 (見下表)，我們建議
- Agarose beads：不易產生非特異性結合，適用於需要極低背景和高結合能力的 IP 。
- Magnetic Agarose beads：在分離上較Agarose beads來得方便，可利用磁力分離並使用在需要高結合能力的 IP 。
- Magnetic Particles M-270：適用於偵測非常大的蛋白質或複合物的 IP。
| Agarose | Magnetic Agarose | Magnetic Particles M-270 | |
| Low background* | +++ | ++ | ++ |
| Binding capacity | +++ | +++ | + |
| Size of tagged protein* | Small to large | Small to large | Small to very large |
| Bead separation | centrifugation | magnetic | magnetic |
＊請注意，這些是一般準則。 對於特定的蛋白質或複合物，必須測試最佳實驗條件
總體而言，由於 Nano-Traps 的高度特異性結合，所有beads都具有非常低的背景結合。但相較之下，Agarose beads的背景值為其中最低。而Magnetic Agarose beads 和Magnetic Particles M-270的背景則略高。 因此，如果需要非常低的背景，建議使用Agarose。
對於自動化免疫沉澱或較偏向於利用磁性處理時，應使用Magnetic Agarose 或 Magnetic Particles M-270。 但是，如果需要更高的結合能力，建議使用Magnetic Agarose。
當您感興趣的蛋白質 (POI) 較大時，可能需要使用無孔的Magnetic Particles M-270，因為較大的蛋白質或蛋白質複合物無法進入agarose beads 和 magnetic agarose beads的孔內與奈米抗體/VHH結合。另外，需要特別注意的地方是，原先較小的蛋白質可能會形成多聚體或可能為複合物的一部分，因此具有比預期更大的尺寸。
| Agarose | Magnetic Agarose | Magnetic Particles M-270 | |
| Matrix | Agarose (4% cross-linked) | Magnetic agarose (6% cross linked) | Magnetic Particles M-270 |
| Bead form | Porous | Porous; sold iron core | Solid |
| Ligand | Nanobody/ VHH | Nanobody/ VHH | Nanobody/ VHH |
| Protein size* | Small to large size | Small to large size | Small to very large size; all sizes |
| Color | White | Black | Brown |
| Medium particle size | ~90 µm | ~40 µm | 2.8 µm |
| Binding capacity | Very high | Very high | Medium |
| Background | Very low | Low | Low |
| Magnetic separation & automation | no | Yes | Yes |
| May be centrifuged up to | 2,500 x g | 800 x g | 8,000 x g |
＊ 如何挑選，取決於蛋白質大小和形狀、蛋白質多聚體、複合物和相互作用對象
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參考文獻：
https://resources.chromotek.com/blog/what-beads-should-i-use-for-my-immunoprecipitation
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